Nagato, el discípulo elegido de Jiraiya

Nagato es uno de los villanos más poderosos que ha enfrentado recientemente Naruto en la serie animada. Poseedor de la técnica ocular conocida como Rasengan, Nagato tiene algunos puntos en común con el joven protagonista de la serie animada.

Primero es un descendiente del clan Uzumaki, uno de los más importantes de la desaparecida Aldea Oculta del Remolino. Estos ninjas poseían habilidades especiales para el Fuinjutsu (Técnicas de Sellado) que les permitían apresar seres vivos, objetos y chakra dependiendo de una serie de rituales y técnicas que les valieron el respeto y el temor de las demás aldeas.

Además, Nagato entrenó bajo las órdenes de Jiraiya cuando era pequeño, y su relación con Uchiha Madara también se va explicando poco a poco en los capítulos de la historia. Nagato utiliza los poderes casi ilimitados del Rinnegan para traer la paz al mundo a su manera, llevando el dolor y el miedo a los corazones de la gente para así evitar las guerras, pero su metodología choca con la de Naruto y un enfrentamiento definitivo entre los dos discípulos es indispensable para poner fin al conflicto.